Начиналось все с побед, одержанных футбольной командой юношей 1993 года рождения "СДЮСШОР-3" г. Вологды.  Этот выпуск стал одним из лучших в школе за всю ее историю. Ребята стали победителями первенства России по футболу в зоне "Золотое кольцо, серебряными призерами финального турнира Первенства России. По итогам этого турнира двенадцать игроков получили удостоверения кандидатов в мастера спорта.   Эти победы стали возможными благодаря  серьезной работе тренеров и игроков, заинтересованности родительского комитета команды (руководителем его был нынешний президент клуба Игорь Евгеньевич Сидоров), оказывавшего поддержку ребятам в поездках на турниры, обеспечении тренировочного процесса. Так, постепенно, у всех причастных к команде людей появилась мечта о еще более важных победах, которые не могли состояться, если ребята после окончания школы повторили бы путь своих предшественников. Сколько поколений ребят оказались невостребованными у себя дома.  Единицы уезжали в другие регионы, стремясь продолжить путь в большом футболе, но большинство перспективных игроков пополняли составы команд первенства области.  Приятно, что правильные мысли обрели свое воплощение в действиях. Так началась история ФК "Вологда".

В ноябре 2010 года клуб обрел новое название и новые цели. Перед сезоном 2011-12 гг.  руководство клуба поставило перед футболистами задачу выхода во второй дивизион первенства России по футболу. И эта задача была выполнена. Впервые команда из Вологодской области стала обладателем Кубка России среди команд 3 дивизиона.  Финальные матчи с "Кооператором" из Вичуги, в которых наша команда дважды победила соперника, останутся незабываемыми для всего клуба и болельщиков (финальный матч в Вологде посетили 1200 человек). Дальше были еще победы -  в первенстве и Кубке Вологодской области.

В ноябре 2011 года ФК "Вологда" стал первым вологодским клубом, который принял участие в финальном турнире Кубка России среди команд 3 дивизиона.  Тогда стало очевидно, что команда может решать серьезные задачи на более высоком уровне. Отметим, что еще не став профессиональным клубом, наша команда уже запомнилась всем специалистам профессиональным подходом не только к тренировочному процессу, но и ко всем моментам жизнедеятельности коллектива. Клуб долго шел к получению профессионального статуса. И то, что 30 мая 2012 года аттестационная комиссия РФС этот статус команде присвоила,  подчеркивает правильно выбранное направление развития  клуба, грамотную, профессиональную работу руководства и тренерского состава команды и, конечно же, футболистов, воплотивших эту работу в победы на футбольных полях. 

Огромным достижением стало то, что клуб сумел сплотить вокруг себя дружную команду единомышленников, людей, которым небезразлично будущее вологодского футбола. Это и финансовые партнеры клуба, и руководство области и города, и просто неравнодушные к футболу люди, все те, благодаря кому наша команда добилась права вступить в профессиональный футбол. 6 июня 2012 года,  матчем с "Волгой", но уже из Песочного,  вологжане завершили свои выступления в любительском футболе. Время от "Волги" до "Волги" пролетело очень быстро.

17 июля 2012 ФК "Вологда" приняла старт в профессиональном футболе кубковым матчем против футбольного клуба "Долгопрудный".